[RadmilaPon]

Я так поняла, что на просьбу ребенка позвать папу, чтобы я с ним поговорила, отвечать согласием, но при этом предупреждать, что я папе все передам, но папа сам пусть решает? И не присутствовать при их разрешении конфликта?

Да.

Я думаю, что тут 2 причины (может я и ошибаюсь). 1. Отсутствие гибкости и понимания сына со стороны папы. 2. Наши с папой ссоры

Вот тут хорошо бы спросить мужа: я заметила, что вы часто ссоритесь. Тебе как кажется, часто? (если ответ "да", то Думал, почему так? (если ответ "нет", то Понаблюдай, мне интересно твое мнение.

Вот сегодня у нас с сыном состоялся такой разговор, в котором он сказал, что «раньше думал, что в ссоре мама все правильно делает и говорит, а папа все неправильно, а теперь, говорит, я понял, что мама тоже иногда неправильно говорит и делает в ссоре, а папа все равно всегда неправильно».

Интересно, что вы ответили?
Сын словно встает на вашу сторону в ссорах. Вероятно, он размышляет, как поступать, когда люди спорят и не согласны друг с другом. Обычная реакция детей - занять чью-то сторону. Так сразу становится спокойнее. Но цена этому - кого-то из родителей приходится отодвигать.

Основная проблема, что ребенок с 3,5 лет периодически, особенно после моих ссор с мужем, говорит, что хочет стать девочкой. Сейчас ему почти 6 лет.

Интересно прояснить, что ему нравится в бытии девочкой.

Сын считает, что мама самая главная. Так сложилось, что по детям я и правда главная, я устанавливаю режим, что полезное есть… и я слежу за режимом, когда сын с папой. Но сын не видит, что по многим другим вопросам папа решает в основном, а со мной только советуется иногда (финансовые, покупка вещей, игрушек, что надо сделать во дворе…).

Логически просится рассказать ему, в чем же папа главный, сделать для сына очевидным папин вклад в семью.

Я как-то в форуме видела тему о том, что папа должен быть главным в семье для правильной половой идентификации сына и там был совет почитать книгу по структуре семьи. Не могу найти ту тему

не могу вспомнить, что за книга.
Вот нашла книгу, правда для психологов. Но вдруг зайдет.
Якимова Т.В. Психология семьи. Москва - Юрайт, 2017г.
Можно скачать. Легко найти через поисковик.
Г.Т.Хоментаускас. Ребенок осмысляет отношения между родителями тоже можно найти через поисковик.

ведь папа ничего не читает

Почему?

Не знаю, полностью отказаться от советов и подсказок мужу даже по режиму?

Думаю, стоит с мужем обсудить, как быть, если вот такая форма не годна для него и он обижается на подсказки.