А образец ДНК князя Владимира у нас есть
?
Если вес-таки теоретизировать, то пример сложный. Поскольку времени прошло около тысячи лет, вероятность накопления спонтанных изменений велика. И как Вы правильно отметили, вероятность утраты У хромосомы князя.
В таком случае надо бы использовать 2 маркера, У хромосому и аутосомный маркер (т.н. сателитная ДНК). При благоприятном стечении обстоятельств определение родства возможно.