Третий день после прививки - это считая сам день прививки?
 

Добрый день, ребенку 1 г 10 мес. Во Вт 3. 07 утром в 10 часов сделали Пентаксим (четвёртый, ревакцинация) . В пятницу 6.07 поднялась темп. 39. Пятница считается третьим днем после прививки или четвёртым? Это реакция на прививку или нет?

Не днями, а сутками. В них 24 часа.
Реакция на Пентаксим обычно все же в 1-ые сутки развивается, поэтому более вероятна другая причина лихорадки. В любом случае, не видя ребенка, невозможно Вам ответить точно.