В носоглотке (как и на коже, как и в толстой кишке, как и во влагалище) имеют право жить микробы, это нормальная микрофлора, это помощники наши.
Бывает, что там поселяется что-то ненормальное. Например, как золотистый стафилококк, как у Вашего ребенка.
В таких случаях следует разделять носительство и инфекцию.
Носительство золотистого стафилококка сопряжено с большей частотой развития фурункулеза. У Вашего ребенка есть фурункулез? Если да, то требуется деконтаминация (удаление) золотистого стафилококка из носоглотки.
Относительно риска эндокардита. Он есть не при всех пороках сердца. Считается, что профилактика требуется при цианотических пороках (т.е. когда страдает общее кровообращение) или после операций с использованием протезных материалов (операции у Вашего ребенка не было). Т.е. Вашему ребенку не требуется профилактика ИЭ ввиду его низкого риска.
https://forums.rusmedserv.com/showthread.php?t=139462
Хаотичная беготня по врачам - это Ваша идея, хорошо бы Вам успокоиться. А то уже начинаете погружаться в глубокую теоретическую иммунологию, которая лишена практического применения и начинаете искать всю "таблицу Менделеева" существующих в природе вирусов и микробов. Вирусы и микробы появились на Земле задолго до появления человека, и человек научился сосуществовать с ними и побеждать их собственными силами. Паника вокруг этого и многочисленные фуфломицины не изменят ничего ни в какую сторону, кроме обострения психической составляющей у Вас и у Вашего ребенка.