[ОльгаШа]

Водянка яичек, как и фимоз, у маленьких детей имеют право на существование и не требуют активных действий. Однако, для того, чтобы оценить их степень, имеет смысл показать ребенка очно другому хирургу (как Вы справедливо отметили, хирург, рекомендующий некие чудо-салфетки "от водянки" не вызывает доверия). В подразделе Хирургия Вы можете получить более подробную консультацию и узнать, где в Москве лучше проконсультироваться очно.

Теперь о дисбактериозе и атопическом дерматите. Если ребенок нормально прибавляет в весе, нормально развивается, не надо уделять столь пристального внимания его испражнениям.
Судя по описанию, кожа Вашего малыша не требует ничего, кроме увлажняющих средств после купания. В ЧаВо есть тема про атопический дерматит, обязательно прочтите её.