Дело в том, что когда ребенок увлечен, то он не воспринимает, не реагирует на другие раздражители, кроме того, что его интересует. Поэтому сын скорее всего не слышит Ваших предостережений (и потому не понимает, за что Вы его наказываете).
Психика - это саморегулирующаяся система. Вслед за процессами возбуждения в определенных отделах мозга следуют процессы торможения. То есть, если Ваш сын может подолгу заниматься развивающими занятиями (по сути дела умственной работой), то чтобы "отдохнуть" психике необходимо переключение на физическую активность (бег, лазанье и пр.). Если он спокоен в одном месте, значит будет активен в другом. И чем он будет спокойнее, тем потом будет активнее

.
Способность к произвольному контролю развиваются намного позже (для этого у малыша еще не созрели необходимые для этого структуры мозга). Вы слишком многого хотите от Вашего мальчика.
Безопасность ребенка находится в Вашей компетенции, поэтому либо смиритесь с необходимостью бегать и страховать ребенка, либо давайте ему возможность в волю набегаться-напрыгаться в безопасной для него среде (сухой бассейн, батуты, надувные игровые комплексы).
С уважением, Дунаева Елизавета Юрьевна.